A ECN é uma doença ainda bastante misteriosa, confusa e um dos grandes desafios enfrentados pela neonatologia. O próprio diagnostico da doença é complicado. O que se sabe é que ela está ligada a imaturidade do intestino.

Bebês prematuros correm mais risco de desenvolve-la, apesar de que entre 10% a 15% dos bebês acometidos por ela nasceram a termo. Quanto mais prematuro o bebê, mais demora para a doença aparecer. Estudos sugerem que uma resposta inflamatória no organismo de bebês prematuros parece ter um papel dominante no aparecimento da doença. Apesar da isquemia-hemorrágica (necrose, morte de parte do intestino) ser um dos últimos estágios de manifestação da doença em prematuros, a interação entre leite, microbiotas e o sistema imunológico imaturo do bebê parece ser um fator determinante para dar inicio ao processo da ECN.