A ECN foi descrita pela primeira vez em 1823 por Charles Billard, que relatou um caso de enterocolite ‘gangrenosa’ em um bebê fraco, com infecção, inflamação e necrose do trato gastrointestinal.

Em 1850 foram reportados os casos de 25 bebês, entre prematuros e a termo, que apresentaram sinais clínicos não-específicos que rapidamente progrediram para óbito, com o exame post-mortem mostrando similaridades patológicas como as descritas por Billard.

Foi somente no século 20, com o advento de enfermarias para bebês na Europa. Que a descrição da ECN começou a se sofisticar, culminando com o reconhecimento da doença, já na segundo metade do século passado, como a emergência gastrointestinal mais perigosa em unidades de cuidado intensivo para bebês mundialmente.